UV lightmaps были построены неправильно. Часто это происходит из-за импорта моделек как combine all meshes, если этих мешей очень много. А также из-за неправильной развёртки, как уже было сказано выше.
да, мешей много, на одной UV весь дом. разбил на 3, проблема решена. но на всякий случай увеличил разрешение запекания. проблема с темными пятнами исчезла. Спасибо всем!