Различие есть, как доступа нет напрямую - непонятно, в модах всё спокойно можно использовать
Если ты про редактирование исходников - такой фигней не занимаются еще с 1.6.4 когда начали появляться первые ForgeGradle и исходники не шли комплектом, тогда все с MCP начали слезать и сам оригинальный MCP - загибаться, умерев где-то на 1.8-1.12
Это всё потому-что разные моды часто конфликтовали из-за того что они заменяли классы игры напрямую в minecraft.jar. Помимо древних форжевских модов таким промышляли еще моды на LiteLoader и Risugami's modloader
Разные мод апи
Фабрик предлагает разработку модов преимущественно используя миксины, пока (Neo)Forge предлагает готовое апи для разработки модов (но так-же позволяет использовать миксины через сторонние(если не ошибаюсь бутеры)
NeoForge появился потому-что разрабы вроде cpw ушли из Forge потому-что LexManos мудак. По идее это должен быть всё еще тот-же Forge с минимальными различиями