Зачем свой ремаппер сходу делать, чем proguard не угодил? В нём спокойно можно задать параметр что-бы он выплёвывал файл с маппингами, и эти маппинги можно просто переписать в fabric.mixins.json.
Если есть Gradle - это всё можно автоматизировать в build таск