Жесткий диск всегда будет забит на 100% в режиме работы с файловой системой.
Причиной загрузок может служить сама ОС которая производит различные манипуляции, скажем тесты железа, дефрагментацию, или просто участвовать в программе оценки и обслуживания.
Для того что бы проверить что диск с проблемой, есть популярная программа HDDLife или им подобная, которая после запуска сразу покажет состояние здоровья SMART, и уведомит табличкой.