Есть различные обфускаторы, как готовые решения, так и можно написать самому.
Загугли следующие понятия:
Virtual Box(виртуализация, виртуализаторы)
Протекторы
Крипторы
Обфускаторы
Есть универсальные программы(которые уже имеют набор всех выше перечисленных функций)
Пример:
VMProtect
Enigma Protector
PELock(не совсем подходит, но имеет интересные фичи)
Themida( xtreme protector)
Менее известные:
ASProtect
ESys Launcher PRO
ExeCryptor(мало эффективна)
KoiVM(с открытым исходным кодом -
, очень слабый и малофункциональный, но для ознакомления интересен)
Dnguard hvm(только слышал, сам никогда не использовал)