Ну тут 2 варианта
Либо ты без костылей ставишь WindowPadding нормальным и перевёрстываешь меню уже более адекватно
Либо ты переписываешь все элементы в меню под твой кастомный WindowPadding чтоб это смотрелось красиво.
В твоём случае можно поправить позицию текста в рендере твоего чекбокса ( по Х )