Что бы скрыть программу из процесса можно использовать NtQuerySystemInformation и внедрить в процесс в котором нужно скрыть, если нужно скрыть во всех процессах, тут уже можно использовать драйвер, можно глянуть на гите куча RootKit, где это есть. А монолит просто инжектит длл в процесс и не создает отдельный процесс после чего он и запускается, по крайне мерее так было на момент когда я последний раз видел.