Не совсем понятен вопрос, как я понял, вам придётся разобраться в шифровании трафика с использованием OpenSLL, либо в реализации собственного протокола шифрования, так же трюки в веб-части приложения по типу чекера юзер агента, токенов специальных и обязательная кастомная обфускация клиента, для того чтобы отправить реверсера в джунгли.
В любом случае идей много по защите клиентской части, вряд ли здесь кто либо вам поможет, без вашего понимания как всё устроено