Вы используете устаревший браузер. Этот и другие сайты могут отображаться в нём некорректно. Вам необходимо обновить браузер или попробовать использовать другой.
Ну раз у тебя изначально прозрачный меш рендерится, а потом при каком-то условии он становится непрозрачным и при этом так быть не должно - значит ты неправильно работаешь со стейтом. Блендинг включи, и убедись что в стейте всегда GL_ALPHA_TEST либо выключен, либо имеет значение 0.1