Смешно.
Зачем ему сносить винду? С чего вы взяли, что это RAT?
Уверен, это был обычный стиллер.
1. Смени все пароли.
2. Куки удалять не нужно. Их уже украли.
3. Меняй пароли серверов, если заходил на них через FileZilla.
4. Если лежали холодные крипты(wallet.dat) - тоже все меняй.
И ответь на вопрос, после запуска какого-либо файла, скачанного с ютуба, других сайтов - замечались жесткие проседания в системе? Если да, то это продолжалось все время, пока ПК был включен? Или же только после запуска?