это не проблема прозрачности экспы, это ограничение установленное в кубах вручную
У мира/скайбоксов это 127 (т.к. GL_ALPHA_TEST клиппинг устанавливается на 0.5), У прочего - 25-26 (т.к. клиппинг 0.1)
Это можно убрать либо выключив GL_ALPHA_TEST, либо установив его значение на 0.01 (после рендера нужно вернуть обратно)
Ну они думают что типо кусок квадрата просто не попадает в область ножниц(gl scissor), из-за этого оно обрезается